Det var Napoli som började bäst, och i den 20:e minuten gav Marek Hamsik hemmalaget ledningen med 1-0 efter att ha nickat in en hörna.
Drygt fem minuter in i den andra halvleken ökade Napoli ledningen till 2-0 efter att Dries Mertens skruvat in en vacker frisapak i mål.
Men Napoli nöjde sig inte där. Efter att Júlio César dragit ner en Napolispelare i straffområdet satte Arkadiusz Milik straffen i mål till 3-0.
I den 58:e minuten ökade Napoli läven på till 4-0 då Dries Mertens tryckte in sitt andra mål för kvällen från nära håll.
Benfica skulle resa sig en aning, men dock för sent. Portugiserna fick in ett tröstmål i den 71:a minuten genom Goncalo Guedes, och i den 86:e minuten reducerade Benfica på nytt genom Salvio.
Napoli höll undan och vann med 4-2, den andra raka segern i gruppen. Benfica står kvar på en poäng i gruppen.
Victor Nilsson Lindelöf spelade hela matchen i Benficas backlinje.
Startelvor:
Napoli: Reina, Hysaj, Koulibaly, Albiol, Ghoulam, Allan, Jorginho, Hamšík, Callejón, Milik, Mertens.
Benfica: Júlio César, Semedo, Nilsson Lindelof, Lisandro, Grimaldo, Fejsa, A. Almeida, A. Horta, Pizzi, Carrillo, Mitroglou.