Laget tvingades nödlanda i Budapest, efter att flygplanet spelarna färdades i krockat med en fågel.
Fenerbahce har lagt upp ett antal bilder på Twitter, där rutan till cockpit är sprucken.
"Situationen är under kontroll", skriver klubben.
Manchester United har, via sitt officiella Twitterkonto, svarat på inlägget.
"Vi önskar er en säker resa till Manchester. Ses snart", skriver Zlatan Ibrahimovics lag.