Det dröjde 19 minuter innan Michael Carrick sköt in ledningsmålet för Manchester United efter att Wayne Rooneys frispark blockerats.
Men strax innan halvtid skulle kvitteringen komma. Alex Revell kunde rulla in 1-1 via straff efter att Daley Blind fällt en Northampton-spelare.
I den 55:e minuten blev Zlatan Ibrahimovic och Marcus Rashford inbytta för United. Det gav effekt några minuter senare, då Ander Herrera stötte in 2-1-målet, assisterad av unge Rashford.
Talangen skulle även vara inblandad i utökningen. Smith i Northampton-målet stod för en riktig tavla när han misslyckades med att rensa undan bollen. I stället kunde Rashford skjuta in 3-1, som också blev matchens slutresultat.
José Mourinho kan därmed andas ut en aning efter de tre raka förlusterna som tränaren hade i ryggen sedan tidigare.
Startelvor:
Manchester United: S.Romero; Fosu-Mensah, Smalling, Blind, Marcos Rojo, Schneiderlin, Carrick, Memphis, Ander Herrera, Young, Rooney.
Northampton: Smith; Moloney, Buchanan, Diamond, Zakuani, Revell, Gorre, McCourt, Hoskins, Beautyman, Taylor.