United med Zlatan Ibrahimovic på planen under hela matchen hade det mesta av spelet under stora delar av matchen men bitvis svårt att komma till de riktigt heta chanserna.
I den 73:e minuten fick United dock en jättechans att ta ledningen när Mata fick en nickskarv vid den bortre stolpen bara någon meter från mål, men Jakupovic lyckades på något sätt hålla bollen utanför målet.
Men runt fem minuter kvar var dock Hull riktigt nära att göra ett ledningsmål när Markovic träffade stolpen.
Under slutminuterna hade United ett par chanser till att göra 1-0, men Jakupovic i Hulls mål fortsatte att storspela och matchen slutade 0-0.
- Det är en väldig besvikelse, säger Zlatan Ibrahimovic till MUTV.
- Det hade varit härligt att vinna i dag eftersom de andra lagen tappade lite poäng och vi hade kommit lite närmare, låt oss säga, topp fyra.
United nu ligger på 42 poäng i Premier League-tabellen, och avståndet till serieledande Chelsea är hela 14 poäng. Hull lämnade i och med poängen över sistaplatsen i ligan till Sunderland.
- Vi har fortfarande många matcher kvar att spela, och vi kommer självklart göra vårt bästa för att komma till en placering där framtiden ser bra ut för klubben, och det är genom att spela Champions League, säger Zlatan.
Startelvor:
Manchester United: De Gea, Valencia, Jones, Rojo, Blind, Carrick, Herrera, Mkhitaryan, Pogba, Rashford, Ibrahimovic.
Hull: Jakupovic, Tymon, Maguire, Dawson, Robertson, Huddlestone, Meyler, Evandro, Markovic, Clucas, Niasse.