Valcke misstänkt för att ha varit inblandad i svartabörshandel med biljetter till VM 2014, och har också anklagats för att ha varit inblandad i en muta på 10 miljoner dollar till Jack Warner, före detta ordförande för Nord- och Centralamerikas samt Karibiens fotbollsförbund Concacaf.
"Under undersökningarna har flera andra former av potentiella tjänstefel framkommit, i synnerhet missbruk av Fifas policy och regler för resekostnader, fall som rör försäljning av tv- och andra medierättigheter, samt förstörelse av bevismaterial", skriver den etiska kommittén i ett pressmeddelande.
Den 9 januari 2016 beslutade Fifa att avskeda Valcke, som varit avstängd tillsvidare sedan i september, med omedelbar verkan. Fifas etiska kommitté har även inlett civilrättsliga åtgärder mot den 55-årige fransmannen, som själv har själv nekat till alla anklagelser.
Förutom avstängningen på tolv år ska Valcke dessutom betala 100 000 schweiziska franc (cirka 862 000 kronor) i böter.
Tidigare har Fifa-ordföranden Sepp Blatter och det europeiska förbundets ordförande Michel Platini stängts av i åtta år.