Messi gjorde matchens enda mål i den 42:a minuten.
Publiken i Mendoza applåderade åt Messi under hela matchen och många rusade in på planen efteråt för att ge Barcelona-stjärnan en kram.
- Jag är tacksam för hyllningarna, för kärleken, säger Messi.
Han säger att det var ett genuint avsked till landslaget som han tog tidigare i somras, då Argentina förlorade en mästerskapsfinal för tredje året i följd.
- Jag försökte inte lura någon, jag sade bara vad jag kände. Nu känner jag mig glad, säger han.
Efter matchen sa anfallsstjärnan, enligt TyC Sports, att han hade känning av sin ljumskskada och att det är osäkert om han kommer till spel mot Venezuela.
Argentina leder den sydamerikanska VM-kvaltabellen på 14 poäng efter sju omgångar.
Brasilien har aldrig tidigare slagit Ecuador i dess huvudstad Quito - som ligger 2 850 meter över havet. Inte förrän på torsdagskvällen då OS-hjälten Neymar gjorde det förlösande 1-0-målet på straff i den 72:a minuten. Några minuter före slutet gjorde 19-årige Gabriel Jesus, som nyligen gått till Manchester City, 2-0 och han satte också det tredje målet, på tilläggstid.