England kom från en 2-0-vinst mot Malta senast och hade vunnit alla fyra tidigare tävlingsmöten lagen emellan. Men under tisdagskvällen ville det sig inte för förbundskapten Gareth Southgates mannar.
Landslagskaptenen Wayne Rooney började på bänken men skulle få chansen mot slutet av matchen.
Slovenien var nära att chocka England tidigt inpå matchen. På bara ett par sekunder skapades flera fina lägen där Joe Hart bland annat räddade ett friläge och Kurtic träffade stolpen läget efter.
Men målet kom aldrig - varken just då eller senare under första halvlek.
Andra halvlek hann knappt börja innan Slovenien skapade flera jättelägen att göra matchens första mål. Ilisic kom först ren men passade bollen åt sidan framför Hart - där ingen sloven fanns.
Hörnan kort efter nickades på mål av Cesar - men Joe Hart var snabbt nere och räddade.
Den efterföljande hörnan såg ut att nickskarvas in i mål av Kurtic i Slovenien - men Joe Hart stod för en ofattbar räddning när han hann upp med en hand vid krysset.
I 73:e minuten byttes Wayne Rooney till slut in när han ersatte Dele Alli och noterades därmed för sin 118:e landskamp. Men inte heller Rooney kunde göra mål för England.
I stället var Jesse Lingard närmast för England med tio minuter kvar av matchen - men Oblak i Slovenien-målet var snabbt nere på det rappa långskottet.
Matchen förblev mållös - vilket England får tacka Joe Hart för.
Englands startelva: Hart - Walker, Cahill, Stones, Rose - Henderson, Dier, Alli - Walcott, Sturridge, Lingard
Sloveniens startelva: Oblak - Struna, Samardzic, Cesar, Jokic - Kurtic, Krhin, Verbic - Ilicic, Birsa, Bezjak
Se höjdpunkter från matchen via Sporten-sändningen i spelaren ovan.