Pia Sundhage valde att ställa upp med en 4-3-3-uppställning där Sofia Jakobsson går in till vänster i anfallet. Amanda Ilestedt ersätter Nilla Fischer som inte finns med på grund av privata skäl.
Sedan tidigare stod det klart att Lotta Schelin inte kommer finnas med i truppen.
I den tolfte minuten tog Danmark ledningen genom ett skott av Johanna Rasmussen efter att svenska mittbacken Emma Berglund halkat och tappat bollen.
Tidigt i den andra halvleken ökade Danmark ledningen till 2-0. Nadia Nadim snappade upp en stolpretur efter en hörna och satte bollen i mål bakom Hedvig Lindahl.
I den 66:e minuten täckte Sveriges Lisa Dahlkvist ett skott med tåspetsen så att knät vreds om, och hon tvingades bryta matchen och bars ut på bår med lindat knä.
Trots förlusten vinner Sverige sin EM-kvalgrupp med sju vinster och endast en förlust, den som kom i kväll. EM-slutspelet går av stapeln i Holland nästa sommar.
Se situationen när Dahlkvist skadar sig i spelaren ovan.
Sveriges elva mot Danmark: Lindahl - Samuelsson, Ilestedt, Berglund, Andersson - Seger, Dahlkvist, Appelqvist - Schough, Asllani, Jakobsson
Avbytare: Carlén, M. Eriksson, Blackstenius, M. Larsson, M. Johansson, Hanne Gråhns, Pauline Hammarlund,