Samtidigt bjöd Zambia på en skräll då laget besegrade Senegal med 2—1.
Segermålet för Ekvatorialguinea kom fem minuter från slutet genom 26-årige Javier Balboa, som fri med motståndarmålvakten placerade bollen säkert i mål. Balboa spelar till vardags i portugisiska Beira-Mar, men är fostrad i Real Madrid och har spelat sju matcher i klubbens a-lag.
Segern var rättvis då Ekvatorialguinea i den första halvleken fick ett mål tveksamt bortdömt för offside.
En stor framgång för Ekvatorialguinea som aldrig tidigare spelat i de Afrikanska mästerskapen och spelarna kunde även glädja sig åt en miljon dollar i segerbonus och 20 000 dollar i målbonus.
Libyen, som haft svårt att förbereda sig för mästerskapet på grund av förra årets inbördeskrig, var inte allt för missnöjda efter matchen.
- Det här är inte slutet på vår story, sade förbundskapten Marcos Paqueta.
Senegal är en av de stora favoriterna till att ta hem mästerskapet. Men laget förlorade premiären mot Zambia med 1—2. Zambia ledde med 2—0 redan efter 20 minuter efter mål från Emmanuel Mayuka och Rainford Kalaba. FC Köpenhamn-spelaren Dame NDoye reducerade med kvarten kvar.
Fotbollskanalen.se