Molins mål kom på tilläggstid. Han bröt snett in i straffområdet och drog till.
-Så blev det ännu en titel för oss, folk skriker efter titlar i den här stan. Det är kul, och kul att vi vann årets sista tävlingsmatch, sade lagkaptenen Jiloan Hamad.
Söndagens tillställning var hans sista i MFF-tröjan. Efter sex år i klubben drar han vidare till ett nytt fotbollsäventyr i Bundesligalaget Hoffenheim.
Men först blir det en lång semester.
-Jag ska ner dit och göra ett par tester, sedan ansluter jag till dem i början av januari, sade han.
Underhållande spel
Åskådarna som kom till Swedbank Stadion fick se en målrik match med fina mål och ett underhållande spel.
Fast det höll inte tränarna med om.
-Vi var inte så bländande i vårt passningsspel, sade MFF-tränaren Rikard Norling.
Malmö, årets svenska mästare, ledde supercupmötet med svenska cupmästarna IFK Göteborg med 2-1 efter 47 minuter.
Tvåan föregicks av en lång inspark av Malmömålvakten Johan Dahlin. Göteborgs dito, John Alvbåge, var utanför straffområdet för att bryta och då stack Emil Forsberg fram och ordnade en vacker lobb som gick in i mål.
Dessförinnan hade Forsberg också gjort 1-0 några minuter före paus.
Svalt intresse
Det skapades massor av målchanser i en pigg och underhållande match, men det var väldigt glest på läktarna, bara 2 787.
-Vi brydde oss inte så mycket, vi har haft det så bra med fansen hela säsongen. Men det är klart de skriker efter titlar och så kommer de inte. Det var ändå skönt att spela och ta den här titeln också, sade Hamad.
För många MFF-supportrar var säsongen över när SM-guldet väl var hemma. Därav var intresset för supercupen måttligt.
MFF har spelat den en gång tidigare, och då förlorat, sedan Svenska fotbollförbundet införde spelformen säsongen 2007.
Göteborg hade varit i final fyra gånger, vunnit en och förlorat tre.
Efteråt blev det prisutdelning men också ett tack till Jiloan Hamad. Den nyblivne Bundesligaspelaren fick en tröja av fansen.