Milan tog ledningen i första halvlek efter att Cassano nickade in en boll i öppet mål efter Emanuelsons inspel.
Kvitteringen var väldigt vacker. Jimmy Durmaz avancerade och sköt en kanon utanför straffområdet, bollen dundrade in via ribban, 1-1.
Inför andra halvlek gjorde MFF hela nio byten, där de flesta inhopparna var av yngre karaktär. Det satte också prägel på matchbilden och Malmö såg hungrigare ut.
Och tidigt i andra halvlek kom också ledningsmålet. För kvällen briljante Alexander Nilsson slet sig loss och spelade fram Tobias Malm som iskallt rullade in ledningsbollen för Malmö bakom Amelia i målet.
Resultatet stod sig ända till 89:e minuten då Kingsley Boateng nickade in ett inspel från Cassano i misstänkt offsideläge.
Straffläggningen vann sedan Milan med 3-2 (bäst av tre straffar) efter att Oddo satt sista straffen för Milan och Alexander Nilsson missat för Malmö.
Zlatan då? Han hade ett par chanser att göra mål på sin gamla hemmaarena, men fick lämna planen mållös i 61:a minuten till stående ovationer.