Ola Toivonens frispark tog i muren och ställde Michal Slawuta i Ljungskiles kasse. Målet var 22-åringens femte för säsongen.
Vid 1-1 spelades Ola Toivonen fram av Jeffrey Aubynn som dribblade vackert på sin vänsterkant.
Nicken var välplacerad, även om Toivonen fick stå hyggligt omarkerad.
- Det viktiga är att vi får tre poäng, sade debutanten Robert Åhman-Persson, som ersatte skadade Daniel Andersson på mittfälttet, till PPV.
Kristofferssons sjätte mål
Andreas Kristoffersson höll sig tidigare i matchen framme på en retur och sköt 1-0 till Ljungskile.
Målet var Andreas Kristofferssons sjätte för säsongen. LSK-spelaren slängde sig efter en lös boll under en hörnsituation. Christian Järdler, på mållinjen, lyckades inte parera.
Kristoffersson gjorde båda målen när IFK Göteborg besegrades innan EM.
Malmö FF hade fler bra bud på mål i andra halvlek. Tvåmålskytten Ola Toivonen och Jeffrey Aubynn (med högern!) hade varsitt skott i stolpen.
Segern var Malmös fjärde på fem försök mot Ljungskile. Senast de möttes var år 2000 i superettan (två MFF-segrar då).
Ljungskile har skakat flera storlag under säsongen. Det var nära mot Malmö FF.
- Vi jobbar bra hela matchen, sade Ljungskiles David Leinar till PPV efter matchen. Ljungskile har nu fem matcher i rad utan vinst.
Malmö FF-Ljungskile SK 2-1 (1-1)
Mål
: 0-1 Andreas Kristoffersson (17), 1-1 Ola Toivonen (27), 2-1 Toivonen (75)