Båda lagen hade chanser att näta i den första halvleken, bland annat Stefan Silva med ett bra läge från nära håll i straffområdet, men nyförvärvet fick inte riktigt till avslutet som målvakten kunde rädda.
Tidigt i den andra halvleken tog Sjachtar ledningen mot AIK genom Marlos, ett skott som gick i mål men genom nätet.
Sjachtar fick spela stora delar av andra halvleken med en man mindre efter att Marlos fått ett andra gult kort efter en tackling på Henok Goitom.
I den andra halvleken fick dessutom nyförvärvet Tarik Elyounoussi debutera för AIK då han byttes in. Även Nabil Bahoui fick göra ett inhopp för AIK.
Bahoui, som just nu är aktuell för att lån från Grasshoppers över våren, hade en jättechans att kvittera för AIK när klockan närmat sig 90 minuter då han stormade fram på en målvaktsretur av Andrij Pjatov, men Sjachtarmålvakten lyckades freda sitt mål.
I stället skulle Sjachtar öka på till 2-0 på stopptid, vilket också blev slutresultatet.
AIK:s nästa match spelas mot Syrianska 17 februari i svenska cupen.
Se Bahouis kvitteringschans i spelaren ovan.
AIK:s startelva: Linnér - Hauksson, Karlsson, Johansson - Lundström, Adu, Olsson, Yasin, Lindkvist - Goitom, Silva.