Redan efter 21 minuter tog Jablonec ledningen genom mittfältaren Ondrej Mihalik som vackert skruvade in ett distansskott utanför straffområdet. Ett tungt mål att släppa in för smålänningarna som inledde matchen piggt.
I den andra halvleken kvitterade Marcus Antonsson för KFF och det var nyförvärvet Lumala Abdu som stod för en fin assist.
Kalmar ryckte upp sig i andra - och spelade bättre. Men skulle trots det inte få till något ledningsmål.
I stället kunde Jablonec - i 85 matchminuten - trycka dit 2-1 målet, efter att Sebastian Starke Hedlund slarvat med bollen på egen planhalva.
Resultatet stod sig och det var Kalmars andra raka förlust i Atlantic cup.
Kalmar FF: Ole Söderberg – Emin Nouri, Marko Biskupovic, Markus Thorbjörnsson, Stefan Larsson – Filip Sachpekidis, Tobias Eriksson, Ismael, Jonathan Ring – Lumala Abdu, Papa Diouf
Se Marcus Antonssons kvitteringsmål i spelaren här ovan.