Det var MFF som tog ledningen i matchen, då Jo Inge Berget nickade in en frispark till 1-0 för hemmalaget efter en halvtimmes spel.
Markus Rosenberg byttes in i slutskedet av matchen, hans första spelminuter sedan september, och fick sätta både 2-0 och 3-0 innan matchens slut.
- Jag måste säga att jag är nöjd. Det hade varit svårt att sluta på ett bättre sätt. Mackan (Markus Rosenberg) kommer in och sätter två mål... Så det är en fantastisk avslutning på en supersäsong, säger MFF-tränare Allan Kuhn efter matchen.
Malmö FF slutar säsongen på 66 poäng. Bajen slutar på elfte plats på 39 poäng.
Se höjdpunkterna från matchen i spelaren ovan.
Startelvor:
Malmö FF: Andersson - Tinnerholm, Brorsson, Safari, Konate - Yotún, Lewicki, Adu, Svanberg - Jeremejeff, Berget.
Hammarby: Kristinsson - Saevarsson, Saetra, Magyar, Solheim - Smárason, Israelsson, Bakircioglu, Batan - Khalili, Lidberg.