Med tre minuter kvar till full tid dundrade Kenny Pavey in 1-0 via Dime Jankulovskis ribba. Målet kom på straff efter att Saihou Jagne fällts av Gaisspelaren Hallgrímur Jónasson.
Målet räddade nästjumbon AIK från att tappa ytterligare poäng i kampen om att nå säker mark i den allsvenska tabellen.
För innan Pavey dunkade in segermålet såg det inte särskilt bra ut.
Trots stort bollinnehav hade AIK ordentligt svårt att lirka sönder muren som Gais hade byggt på Råsunda.
Mohamed Bangura försökte gång på gång. Anfallaren oroade Gaisförsvaret när han kom en mot en, när han gick i djupled och när han kombinationsspelade med någon lagkamrat.
Även Antonio Flavio och Dulee Johnson testade Jankulovski. Men om inte den avgörande passningen var för nätt, då var avsluten utan kvalitet.
Gais var väldigt defensivt, satsade i stort sett enbart på långa bollar och flera spelare fick tillsägelser av domaren Jonas Eriksson för att det tog för lång tid vid fasta situationer.
Sedan kom målet som förstörde för Gais - och som gav AIK en snabb hyllning efter matchen.
För AIK väntar nu Levski Sofia, det bulgariska laget som slog ut Kalmar i Europa league, på torsdag.
TT