Inför avspark på tisdagen låg ukrainska Sjachtar tvåa i tabellen, en poäng före Leverkusen. Real Sodciedad var avhängt i botten.
En bit in i andra halvlek sköt Ömer Toprak 1-0 för Leverkusen mot Sociedad, och därmed såg läget dystert ut för Sjachtar. Nu krävdes seger mot Manchester United om de skulle ta tillbaka andraplatsen.
Att Phil Jones gav United 1-0 var ytterligare grus i maskineriet för ukrainarnas del.
Det blev inga fler mål i någon av matcherna, utan Manchester United och Bayer Leverkusen gör sällskap i slutspelet.
Bayer Leverkusen: Leno; Donati, Toprak, Spahic, Can; Rolfes, Bender, Castro; Hegeler, Kiessling, Son
Sjachtar Donetsk: Pyatov; Kucher, Sevchuk, Rakitskiy, Hubschman; Fernando, Costa, Srna, Teixeira; Luiz Adriano, Taison.