Redan efter knappa kvarten fick Anthony Martial straff i duell med Benficas Douglas. Fransmannen tog själv hand om staffen, men Svilar i bortalagets mål stod för en strålande räddning.
Minuter senare var Benficas Goncalves i sin tur ytterst nära att ge laget ledningen. David De Gea var dock bra med och tippade bollen till hörna.
Spelet var böljande och chanser fanns för båda lagen. Mål skulle också komma och det var hemmalaget som gjorde det.
Bara sekunder före paus tryckte tidigare Benfica-mittfältaren Nemanja Matic av från distans, och via stolpen och Svilar i bortamålets rygg gick bollen turligt in i mål.
Ytterligare ett dråpligt självmål från 18-åringen, som i förra mötet mellan lagen både gjorde debut och stod för ett osannolikt självmål när han med högfart råkade backa in med bollen.
- Det är sådant som händer. Går jag inte på bollen kanske den går in via andra stolpen eller på returen. Ett nytt turmål, säger Svilar efter matchen till Viasat.
Den andra halvleken bjöd även den på böljande spel och chanser skapades framför allt efter försvarsmisstag. Bland annat stod Eric Bailly för en rejäl blunder som mycket väl kunde ha kostat Untited ett baklängesmål.
Med kvarten kvar byttes sedan födelsedagsbarnet Marcus Rashford in och fixade direkt straff. Den satte Daley Blind hur iskallt som helst mitt i målet.
2-0-målet blev också det sista i matchen. United står därmed på full pott efter fyra omgångar och är ytterst nära både åttondelsfinal och gruppsegern. För det krävs bara en poäng i de återstående matcherna.
Victor Nilsson Lindelöf satt på bänken under hela matchen för hemmalaget.
Startelvor:
Manchester United: De Gea, Darmian, Bailly, Smalling, Blind - McTominay, Matic - Mata, Lingard, Martial - Lukaku
Benfica: Svilar - Douglas, Jardel, Dias, Grimaldo - Pizzi, Fejsa, Augusto, Salvio, Jimenez, Goncalves