Förbundskapten Roy Hodgson roterade rejält i laget när grupp B skulle avgöras - sex byten gjordes jämfört med segermatchen mot Wales.
Med drygt en kvart spelad fick Jamie Vardy en djupledsboll serverad till sig i precis det läget där Vardy är som bäst. Engelsmannen tog med sig bollen och krutade på från nära håll - men Matus Kozacik i Slovakienmålet stod för en stark räddning.
Inte förrän några minuter in på andra halvlek hettade det till rejält nästa gång. Chris Smalling bröstade ned en boll mot Joe Hart - vilket inte såg särsklit farligt ut förrän en framstormande Robert Mak sånär kunde sno åt sig bollen. Situationen räddades till slut upp.
I anfallet efter kom Englands Nathaniel Clyne upp från sin högerbacksposition ända till den främre stolpen vid Slovakienmålet. Clynes skott sköts hårt på Kozacik som stötte bollen över ribban.
Enbart minuter senare fick en inhoppande Dele Alli ett kanonläge när han kom framstormande vid den bakre stolpen på ett inlägg. Helt ren stötte han bollen mot mål - där en sista sekunden-räddande Martin Skrtel agerade slovakisk hjälte och stoppade bollen från att rulla över mållinjen.
I den 73:e minuten fann inbytte Wayne Rooney en djupledslöpande Daniel Sturridge som var centimeter ifrån att styra in ett engelsk ledningsmål.
England kom aldrig nämre ett mål. Matchen slutade 0-0 - och England slutade som grupptvåa två poäng bakom Wales med fem poäng.
Slovakien slutade på tredje plats i grupp B och är med det troligtvis vidare till slutspelet genom sina fyra intjänade poäng som en av de fyra bästa grupptreorna.
- Vi är besvikna. Med tanke på bollinnehavet skulle vi ha vunnit matchen, säger Englandsbacken Gary Cahill till ITV efter matchen.
Slovakiens startelva: Kozáčik - Pekarík, Škrtel, Ďurica, Hubočan - Kucka, Pečovský, Hamšík - Mak, Duda, Weiss
Englands startelva: Joe Hart - Nathaniel Clyne, Gary Cahill, Chris Smalling, Ryan Bertrand - Jack Wilshere, Jordan Henderson, Eric Dier, Adam Lallana - Daniel Sturridge, Jamie Vardy
Se höjdpunkterna från matchen i spelaren ovan.