I ett reservbetonat Manchester United vilade van der Sar, Ferdinand, Giggs och Hernandez. Wayne Rooney var som bekant avstängd.
Bulgaren Dimitar Berbatov gjorde dock mål för United redan efter elva minuter. Nani stod för assisten efter att ha dribblat av flera Fulhamspelare och väggspelat med Anderson. Berbatov var i misstänkt offsideläge när passningen kom men linjemannens flagga stannade nere.
Portugisen Nani låg också bakom Uniteds 2-0-mål. Han rundade Mark Schwarzer på vänsterkanten och spelade fram Antonio Valencia som kunde nicka in bollen i öppet mål vid bortre stolpen.
United leder nu Premier League med hela tio poäng före Arsenal, som dock har två matcher färre spelade.
Manchester United: Kuszczak - O'Shea, Smalling, Vidic, Evra - Valencia, Scholes, Anderson, Gibson, Nani - Berbatov
Fulham: Schwarzer - Baird, Hughes, Hangeland, Salcido - Kakuta, Murphy, Etuhu, Dempsey - Dembele, Zamora.