Rodri, 23, kom till Madrid från Villarreal under fjolårssommaren för omkring 250 miljoner kronor. Debutsäsongen, som innehöll tre mål och en assist på 34 ligamatcher, blev så lyckad att Manchester City tidigt identifierade honom som en långsiktig mittfältslösning.
Detta då Fernandinho börjar komma till åren och David Silva bekräftat att det här blir hans sista säsong i England.
På onsdageftermiddagen bekräftade Atlético Madrid att Manchester City har betalat hans utköpsklausul. Enligt spanska och brittiska medier ligger den på 70 miljoner euro, runt 738 miljoner kronor.
"La Liga har informerat Atlético Madrid att Rodrigo Hernández, via sin advokat och representanter från Manchester City, har köpt ut sig från sitt kontrakt på onsdagen", skriver Atlético Madrid i en kommentar till klubbens hemsida.
"Spelarens kontrakt, som löpte fram till 2023, har därför avslutats."
Köpet av Rodri blir således klubbens dyraste nyförvärv genom tiderna, skriver BBC.
Atlético har redan sålt spelare som Lucas Hernández, Gelson Martins, Luciano Vietto och Bernard Mensah. Erfarne Diego Godin lämnade som bosman. Det snackas även om att Antoine Griezmann närmar sig en flytt till ligakonkurrenten Barcelona.
För att fylla hålen efter flera tongivande spelare har Atlético gjort klart med Felipe, från Porto, och mittfältaren Marcos Llorente.
Senare på onsdagen meddelade den spanska klubben att Héctor Herrera, vars kontrakt med Porto löpte ut den sista juni i år, är på plats och på torsdagen kommer att skriva på ett kontrakt till 2022.