Torres nickade snyggt in 1-0 i den 89:e minuten och satte tvåan i den 94:e minuten när Chelsea flyttade fram och jagade kvittering.
Liverpool gick tack vare segern förbi Chelsea upp på andra plats och är två poäng bakom ett Manchester United som har en match mindre spelad. Chelsea är med en match mer än United fem poäng efter.
Förutom Torres var det två händelser som föräbndrade matchbilden.
Efter en timmes spel blev Frank Lampard utvisad för Chelsea efter en tackling mot Xabi Alonso. Kanske hårt dömd med tanke på vad domare Riley låtit passera innan.
Fyra minuter tidigare gav han bara Liverpools Steven Gerrard en tillsägelse för en liknande stämpling.
Den andra händelsen var när Benayoun byttes in för Liverpool med en kvart kvar. Benayoun fick fart på Liverpool och Torres nickade in 1-0 efter 89 minuter och slog in 2-0 på övertid efter förarbete från israelen.
Domare Riley missade när frustrerade Chelseabacken Jose Bosingwa fult stämplade Benayoun i ryggen på tilläggstid.
Robbie Keane fanns inte med i Liverpools trupp. Rykten har ihärdigt placerat Keane i en ny klubb men timmarna går och snart stänger fönstret.
I oktober bröt laget Chelseas 86 matcher och 4,5 år långa förlustfria svit på Stamford Bridge. Chelsea har haft en tung säsong mot sina toppkollegor och har bara tagit en poäng på fem matcher mot trion Manchester United, Liverpool och Arsenal.
Minutrapport