I tredje tilläggsminuten avgjorde Branislav Ivanovic Europa League-finalen.
Chelseas 2—1-seger innebär att Benficas långa förbannelse kvarstår.
- Laget förtjänade det här, vi har haft en mycket svår säsong, sade Ivanovic.
Chelsea blev dessutom historiskt då man fram till 25:e maj är både regerande Champions League- och Europa League-mästare.
Och Fernando Torres, som gjorde Chelseas första mål, är numera regerande mästare i VM, EM, Champions League och Europa League.
- Jag är mycket lycklig, sade Torres.
- Första halvlek var inte bra nog. Vi ville verkligen vinna Europa League och det här var kanske vår enda chans.
Dramatiskt slut
Det blev några dramatiska slutminuter på Amsterdam Arena. Just när man trodde att det skulle bli förlängning fick Chelsea en hörna från höger. Ivanovic nådde högst vid bortre stolpen och en ovanligt passiv Artur i målet fick se serben nicka in 2—1. Minuten efter fick Benfica chansen att kvittera men röran framför Petr Cech lyckades ingen Benficaspelare peta in bollen i mål.
- Ingen förtjänar det här mer än Ivanovic, han har varit fantastisk, sade Frank Lampard.
Benficas förbannelse
Frågan inför matchen var annars om Benfica skulle kunna bryta den förbannelse(?) som gjort att man förlorat sex europeiska finaler. 1962 fick inte succétränaren Bela Guttmann nytt kontrakt trots att man vunnit Europacupen och han ska då ha sagt att det skulle dröja 100 år innan Benfica tar en europeisk titel igen.
Portugiserna dominerade inledningen av första halvlek på Amsterdam Arena men den bästa chansen hade Lampard i 38:e minuten med ett hårt skott rakt framifrån. Men trots att målvakten Artur var på väg åt fel håll lyckades han akrobatiskt peta bollen till hörna.
Finalmiss igen av Terry
Chelsea fick klara sig utan John Terry som för andra året i rad missade en stor final. Han var avstängd när Chelsea vann Champions League för ett år sedan och nu satte en fotledsskada stopp för spel.
Fem minuter in i andra nickade Benficas Óscar Cardozo in bollen i mål men det blev helt rätt bortdömt för offside.
Benfica hade mer av spelet men Chelseas snabba omställningar och kontringar var alltid farliga.
Torres ledningsmål i 60:e minuten var av högsta klass. Ett långt utkast från Petr Cech lyftes vidare och nådde Torres en bit in på Benficas planhalva. Spanjoren tog sig förbi Luisao och rundade utrusande Artur innan han från höger vinklade in bollen i mål.
Kvitterade på straff
Åtta minuter senare tog Chelseas César Azpilicueta bollen med handen i målområdet. Óscar Cardozo satte lugnt den följande straffen mitt i mål.
Men till slut var det Ivanovic som såg till att Chelsea blev fjärde lag, det första engelska, som vunnit alla de tre europeiska ligatitlarna.
För Benfica har det nu blivit sju finalförluster på 51 år. Guttmanns förbannelse lever vidare.
Chelsea: Cech; Azpilicueta, Ivanovic, Cahill, Cole; Lampard, Luiz; Ramires, Mata, Oscar; Torres.
Benfica: Artur; Almeida, Luisão, Garay, Melgarejo; Enzo Pérez, Matić, Gaitán; Rodrigo, Salvio; Cardozo.