Schweizaren Stephan Lichsteiner satte 1-0 på nick efter 53 minuter - men Andrea Pirlo stod för det finfina förarbetet.
Han tråcklade sig förbi ett par försvarare, vände upp mot mål och skickade sedan ett perfekt, svepande inlägg till försvararen som vräkte sig frma från nära håll.
Giaccherini ökade sedan på till 0-2 efter 82 minuter. Den här gången var assisten om möjligt ännu vackrare. Luca Marrone satte ett instick med utsidan av högerfoten förbi Atalantas backar - och Giaccherini mötte upp perfekt med volleyvristen. Ett klassmål.
Nu toppar Juventus ligan, fyra poäng före Milan som dock har en match mindre spelad.
Atalanta: Consigli; Raimondi, Ferri, Manfredini, Peluso; Schelotto, Cigarini, Padoin, Bonaventura; Moralez, Denis
Juventus: Buffon; Lichtsteiner, Barzagli, Chiellini, De Ceglie; Vidal, Pirlo, Marchisio; Pepe, Matri, Vucinic