Elva polismän skadades och femton bilar förstördes när demonstranterna kastade stenar och brandbomber mot polis nära ambassaden. Fyra butiker förstördes också, uppger inrikesdepartementet.
Arabförbundets ordförande, egyptiern Amr Mussa, manade på fredagen de båda länderna till lugn.
- Saken måste återställas till sina rätta proportioner. Egyptier är ju trots allt araber precis som algerier.
Flagga brändes
Protesterna i Kairo började redan i torsdags kväll, då flera hundra demonstranter närmade sig Algeriets ambassad. De skrek slagord mot Algeriet, brände landets flagga och sjöng den egyptiska nationalsången. Det urartade i våldsamheter när kravallpolis sattes in för att mota bort demonstranterna.
- Vi borde behandla Algeriet på samma sätt som ett land som förklarat oss krig, sade studenten Amr Higazi.
Demonstranterna krävde också att regeringen kastar ut Algeriets ambassadör.
Bråket började förra veckan när flera algeriska fotbollsspelare skadades av stenkastning inför ländernas andra VM-kvalmatch, som spelades i Kairo. Efteråt kastades också stenar mot algeriska supportrar i buss. Som hämnd angreps egyptiska företags kontor i den algeriska huvudstaden Alger, bland annat flygbolaget Egypt Air.
Neutral mark
Den tredje och avgörande kvalmatchen spelades därför på neutral mark i Sudans huvudstad Khartum. Efter matchen, som Algeriet vann, angreps i stället egyptiska supportrar på väg mot flygplatsen av stenkastande algerier. Enligt Egyptens hälsovårdsminister skadades 21 egyptier, medan sudanesiska polisen hävdar att fyra skadats.
Även Sudan är inblandat i det diplomatiska bråket. När egyptiska medier rapporterade om säkerhetsbrister lämnade Sudans regering in en protest till det egyptiska sändebudet i Khartum.
Det egyptiska fotbollsförbundet riskerar bestraffning av Fifa för attacken mot de algeriska spelarna, men egyptiska säkerhetskällor anklagar Algeriet för att ha legat bakom allt.