Linus Hallenius gjorde 1-0, sitt femte mål för säsongen, en kvart före slutet efter en fin soloräd och vänsterskott upp i nättaket.
Det blev förlösande för skadedrabbade Hammarby, där såväl Carlos Gaete Moggias (lårkaka), Fredrik Söderström (misstänk uttänjt ledband) som Filip Bergman redan hade tvingats lämna planen.
Inhopparna Sebastian Castro-Tello och Simon Helg kunde sedan göra varsitt mål och därmed säkra segern mot tidigare obesegrade Assyriska.
Hammarby inledde med en defensivt inriktad 4-5-1-uppställning (men avslutade med fyra yttermittfältare på mittfältet) där Linus Hallenius var ensam forward.
Då Rami Shaaban tvingades lämna återbud på grund av känningar i ett knä fick 22-åringen Johannes Hopf - som bara spelat en enda A-lagsmatch under de tre senaste säsongerna - chansen i mål. Han gjorde en riktig bra match och var egentligen aldrig nära att tvingats hämta ut bollen från nätet.
Superettans skytteligaledare Linus Hallenius fick dock själv haltande lämna planen med krampkänning i slutminuterna, och tvingas på grund av sin tredje varning för säsongen vila från nästa match.
Brage slog samtidigt bottenlaget Öster med 3-1 efter två mål av Daniel Åkervall.