Det allsvenska mötet blev också kampen mellan MFF:s Roland Nilsson och hans assistent i fjol, guldåret, Josep Clotet Ruiz.
Duellen lockade 18 843 till Swedbank stadion.
Katalanen tränar nu Halmstad och han var segrare i halvtid. Sekunderna före pausen tog HBK ledningen efter ett rappt anfall med två skott och två returer innan Jonas Saevarsson tryckte in bollen via målvakten Johan Dahlins fot.
Annars var det mest Malmö.
Ribban och målvakten Nauzet Perez räddade bortalaget i första halvlek.
Perez hade ribban till hjälp när Daniel Larsson rusade ifrån backlinjen, och skruvade bollen i en båge förbi HBK-målvakten.
Det såg bra ut för Clotet och HBK till den 56:e minuten. Då åkte José Zamora ut, spanjoren fick rött kort sedan han slagit till Jimmy Durmaz när de föll i en tuff duell på kanten.
Och Malmö bytte in Guillermo Molins och tog ut Durmaz.
Femtio sekunder senare stod det 1-1. Molins slog inlägget, som till slut hamnade hos Agon Mehmeti som satte en bredsida.
Två minuter senare sköt Jeffrey Aubynn 2-1.
Och inhopparen Miljan Mutavdzic satte 3-1.