Båda lagen stod på tre poäng innan onsdagens måstematch.
Japan fick en smakstart på matchen. I den fjärde minuten blåste domaren straff till japanerna efter en VAR-granskning – och Ayase Ueda förvaltade den på bästa sätt.
Japan trummade vidare genom halvleken – och önationen var ytterst nära att utöka i matchminut 35. Keito Nakamura fick ett bra läge – men sköt i stolpen. Ställningen var alltjämt 1-0 när domaren blåste av för halvtid.
Japan utökade tidigt i den andra halvleken. Feyenoord-anfallaren Ueda kunde raka in sitt andra mål efter ett fint inspel av Ritsu Doan.
I den 88:e minuten gjorde Japan även 3-0, denna gång genom ett självmål.
Indonesien lyckades raka in 3-1 på tilläggstid genom Sandy Wash .Men närmre kom de inte, och slutresultatet blev 3-1 till japanerna. Därmed är Japan vidare till åttondelsfinal i Asiatiska mästerskapet.
Indonesien har dock fortfarande chans att gå vidare till åttondelsfinal. Om resultaten går deras väg i grupp E och F kan de gå vidare som bästa grupptrea.
Startelvor:
Japan: Suzuki – Maikuma, Tomiyasu, Machida, Nakayama – Endo, Hatate, Doan, Kubo, Nakamura – Ueda.
Indonesien: Ernando – Walsh, Amat, Ridho – Arhan, Hubner, Jenner, Sayuri, Ferdinan, Vikri – Struick.