Efter två omgångar låg Atletico Madrid två i grupp D med fyra poäng, medan Bayer Leverkusen låg sist utan några inspelade poäng. När lagen ställdes mot varandra startade både Diego Costa och Hector Herrera för Atletico, vilket innebar att duon gjorde sin 50:e match i Europacupspel.
Leverkusen var farliga och skapade möjligheter matcher igenom men utan att skapa den där riktigt heta målchansen. Atletico Madrid i sin tur hade svårt att få till något ordnat spel och första halvlek var inget som går till historien som underhållande. Julian Baumgartlinger hotade Atletico med ett skott från nära håll men i övrigt var det chansfattigt.
I den 15:e minuten tvingades hemmalaget till byte då mittbacken Jose Gimenez fick utgå till följd av lårproblem enligt AS och ersattes av Mario Hermoso.
Det var dock bortalaget Leverkusen som skapade flest chanser.
I andra halvlek fortsatte de heta duellerna på planen, tio minuter in i halvleken testade Nadiem Amiri utifrån efter en hörna men skottet från Leverkusenspelaren gick över.
Därefter fick Atletico Madrid en bra möjlighet genom rutinerade Diego Costa. Ett fint inlägg från Kieran Tripper följdes upp av en svag nick från anfallaren och avslutet gick utanför, detta i den 57:e minuten.
Några minuter senare skulle nämnde Costa kliva in i handlingen igen. Leverkusens back Sven Bender föll i straffområdet och gled längs gräset, det gjorde att Costa föll i kontakt med tysken och gestikulerade ivrigt på straff vilket även tränaren Diego Simone gjorde.
Men domaren valde att fria och resultatet blev en hörna. Men matchen började öppna upp sig och i 64:e minuten fick Hector Herrera en fin möjlighet då hans skott via touch gav Leverkusens målvakt Lukas Hradecky stora problem. Men 29-åringen sträckte ut rejält och tippade bollen över målramen.
Alvaro Morata hoppade in i 70:e minuten och ersatte Koke, han behövde bara åtta minuter på sig innan han nätade. Bollen gick ut till Renan Lodi som hittade spanjoren med pannan och en resolut nick betydde 1-0 på Wanda Metropolitano-stadion.
Det blev också matchens enda mål och trots en blek insats tog Atletico en viktig seger och går upp som gruppetta. Juventus ställs dock mot Lokomotiv Moskva senare under kvällen.
För Bayer Leverkusen innebär förlusten att laget fortsatt ligger sist i tabellen med noll inspelade poäng.
- Vi ville göra mål men vi måste också lära. Det var några situationer ikväll där vi kunde ha haft fler spelare i boxen. Vi måste bli lite bättre och smartare mot stora lag och vi måste också bli bättre på att lyckas slå sista passningen i sista tredjedelen, säger Leverkusens Kevin Volland enligt Uefa.
Startelvor:
Atletico Madrid: Oblak - Trippier, Gimenez, Felipe, Renan Lodi - Koke, Herrera, Thomas, Saul Niguez - Costa, Correa
Bayer Leverkusen: Hradecky - Weiser, Tah, S.Bender, L.Bender - Bellarabi, Baumgarlinger, Demirbay, Amiri - Volland, Havertz