En på förhand helt öppen match började i ett högt tempo där båda lagen visade stor respekt för varandra.
Det var bortalaget som tog ledningen i matchen genom Henrikh Mkhitaryan. Aaron Ramsey kunde inte hantera Dortmunds höga press och tyskarna stal bollen. Mkhitaryan fick bollen utanför straffområdet och placerade enkelt in 1-0 till bortalaget.
I slutet av den första halvleken var Tomas Rosicky nära att kvittera för Arsenal - men Mats Hummels räddade skottet på mållinjen.
Ett par minuter senare fick Bacary Sagna bollen på högerkanten och skickade in ett mycket fint inlägg. Inlägget styrdes av mittbacken Neven Subotic i en båge över målvakten Roman Weidenfeller och där höll sig Olivier Giroud framme och bombade in 1-1.
I den andra halvleken tryckte Arsenal tillbaka Dortmund ordentligt och tyskarna hade inte mycket att säga till om. Men så, i den 83:e minuten kontrade Dortmund starkt och Robert Lewandowski kunde ge bortalaget ledningen med ett volleyskott.
Dortmund störde Arsenal med sin höga press och den tidigare så avgörande Özil hade sällan bollen i anfallsläge. Det, tillsammans med tyskarnas fina kontringsspel avgjorde matchen till deras fördel.
Returmötet spelas i Dortmund den 6:e november.
Startelvor:
Arsenal: Szczęsny - Sagna, Mertesacker, Koscielny, Gibbs - Arteta, Ramsey – Wilshere, Özil, Rosicky- Giroud
Dortmund: Weidenfeller - Grosskreutz, Subotic, Hummels, Schmelzer - Bender, Sahin - Blaszczykowski, Mkhitaryan, Reus - Lewandowski