West Ham fick en drömstart borta mot Fieburg då Lucas Paqueta satte 1-0 redan efter åtta minuter.
Freiburg inledde andra akten bäst och redan fyra minuter in i halvleken var det kvitterat. Därefter skapade tyskarna oreda i West Hams straffområde vid flertalet tillfällen.
Men det var gästande West Ham som fick jubla.
James Ward-Prowse slog en hörna som tyskarnas målvakt Noah Atubolu missbedömde totalt och Nayef Aguerd nådde högst och nickade in 2-1.
- Låt oss prata om framspelningen, låt oss prata om nicken. Det är en fantastisk boll, sa Robbie Savage i TNT Sports.
Han fortsatte med att ifrågasätta försvarsspelet i Freiburg.
- Det är en fantastisk boll. Målvakten måste göra det bättre men Aguerd är omarkerad. Han är modig, han hade kunnat bli mosad i ansiktet men han går upp... Fanstatisk nick, fantastisk boll.
West Ham leder Europa Leagues grupp A med sex poäng av sex möjliga. Freiburg är fortsatt tvåa.