Orsaken är att makedoniern inte har tänkt att vara på plats i de två VM-kvalmatcherna mot Pakistan i månadsskiftet.
Jovanovski skulle ha anslutit till laget i måndags, men meddelade att han kommer till Pakistan efter matcherna.
Bangladeshs fotbollsförbund utsåg på torsdagen Jovanovskis landsman Nikola Ilievski till ny förbundskapten.