Inledningen av matchen var jämn och Pep Guardiolas mannar lyckades under de inledande 25 minuterna inte hitta mer än enstaka ströavslut mot Bernd Leno i Leverkusen-målet.
Det få farligheter som hemmalaget skapade på Allianz Arena regisserades i mångt och mycket av Arjen Robben och Douglas Costa.
Och ledningsmålet skulle komma till efter att den sistnämnde tempoväxlat sig förbi sin försvarare varpå han serverade Thomas Müller som öppnade målskyttet i den 26:e matchminuten.
I den andra halvleken visade sig Müllers 2-0-mål från straffpunkten punktera matchen då gästerna därefter inte lyckades åstadkomma något nämnvärt.
Med kvarkvar att spela skrev Arjen Robben sedan slutresultatet till 3-0 och Bayern toppar tabellen på nio poäng efter tre Bundesliga-omgångar.
