När startelvorna släpptes stod det klart att Ola Kamara fick chansen från start, Häcken har tappat anfallstjärnan Benie Traore till Sheffield United och Kamara gjorde därmed sin första start för Häcken sedan han anslöt inför säsongen.
BK Häcken hade de flesta målchanserna under den första halvleken men den förblev mållös.
Pontus Dahbo pekade i paus ut en förbättringspunkt för gästerna.
- Vi måste vara mer noggranna, sa han till Discovery+.
Direkt i den andra halvleken bytte Per Mathias Høgmo in Amor Layouni istället för Ola Kamara.
Men Häcken skulle komma att förbli mållösa i den här matchen som Värnamo skulle avgöra sent. Simon Thern klev fram i den 91:a minuten och nickade in segermålet efter ett strålande förarbete från Hampus Näsström.
Målet gjorde att Simon Thern blev historisk. Han tangerade Pär Ericssons rekord genom att nu ha gjort mål för sex olika allsvenska klubbar.
- Det är jämnt och Häcken är skickliga, men vi får rättvist in ett segermål i slutet, säger Simon Thern till Discovery+ efter matchen.
- Det var på tiden att man fick knoppa dit den, säger han om sitt första allsvenska mål för Värnamo.
Helsingborg, Malmö FF, AIK, IFK Norrköping, IFK Göteborg och nu IFK Värnamo är klubbarna som Simon Thern gjort allsvenska mål för.
Startelvor:
IFK Värnamo: Vaitsiakhovich - Winsth, Larsson, Grozdanic, Bergh - Junior-Agyei, Oliveira, Thern - Ademi, Engvall, Johansson
BK Häcken: Abrahamsson - Fridriksson, Sandberg, Hovland, Lund - Rygaard, Si. Gustafson, Dahbo - Sadiq, Kamara, Sonko.