En turlott för MFF som inte spelade bra och mycket väl kunde förlorat efter en rad ruggiga Gais-chanser i första halvlek.
Så här sade Gais-tränaren Alexander Axén:
-Att sitta här med noll poäng efter deras två enkla mål det är tufft.
Och kanske kan analysen från Malmös tränare ge en vägledning hur det var på Swedbank stadion:
-Vi var bra de första tio, men inte lika bra i de resterande 80. Men vi tog tre poäng i varje fall och det med en man mindre på planen, sade Rikard Norling.
Tillbaka på hemmaplan
Jodå, redan efter två minuter drog Wilton Figueiredo en frispark i målställningen där ribban möter krysset.
Strax efter kom Ivo Pekalskis mål, 1-0.
Efter utskåpningen i Zagreb i Champions league-kvalet i onsdags var MFF tillbaka på trygg mark. "Po himmaplan".
Med fem nya i startelvan, jämfört med i Zagreb, tog MFF tag i tillställningen och gjorde 1-0 efter tre minuter och 39 sekunder.
Ivo Pekalski tryckte in bollen efter en hörnspark. Snyggt och han var väldigt bra och dominant på mittfältet, men då visste han inte att lördagsmatchen för honom skulle få ett tradigt slut. Pekalski blev utvisad i den 55:e minuten.
Med en spelare mer hittade Gais på saker.
Wanderson kvitterade, 1-1, med knappt en halvtimme kvar och det låg lite i luften efter Mervan Celiks jätteläge strax före. Wanderson, som var mycket aktiv med bollplock långt ner på egen planhalva.
Kvitteringen var en kalldusch för MFF som var nära 2-0 när nye Miiko Albornoz (debuterande nyförvärv från Brommapojkarna) missade ett friläge före pausen.
Jagar Europa-plats
Men så dök mittbacken Yago Fernandez upp på en fast situation och tryckte in segerbollen i den 88:e minuten.
Och hans mål, det gör att Malmö fortfarande är kvar i jakten på Europa-spel även nästa år.
-Vi skapade inte så mycket för att göra mål, så det är mentalt starkt av oss att vinna. Vi är fortfarande med i racet, sade Norling.
Gais ligger på Europa-plats i tabellen (fyra) trots förlusten.
Och Malmö har en tuff retur mot Dinamo Zagreb på tisdag.
Men kanske utan lagkaptenen Daniel Andersson, som satt på läktaren i Gais-mötet.
Hans unge mittbackskollega Pontus Jansson var trött men glad efter segern:
-Jättetrött måste jag säga men det är mer mentalt än fysiskt. Nu måste vi ladda om, sade Pontus.
TT