Ibrahimovic kom till Malmö på måndagseftermiddagen men nöjde sig med att köra rehabiliteringsträning på hotellet.
Sedan deltog han i Fotbollsgalan i Malmö Arena.
- Som helhetssituationen är mår han bäst av att han vilar. Det kanske också är det bästa för laget, säger Hamrén.
Ibrahimovic är mitt uppe i tuff period med Milan i Serie A och Champions league.
Efter Milanoderbyt mot Inter på söndagskvällen sade han till både svenska och italienska medier att han var helt utpumpad.
Direkt efter Fotbollsgalan förklarade Zlatan varför han inte spelar.
- Jag har känt mig sliten och det har inte blivit lättare för mig att vi fått två anfallare (Pato och Inzaghi) skadade. Jag tackar faktiskt Erik för att jag får vila. Vi hade en diskussion han och jag och har haft kontakt den senaste tiden.
Ibrahimovic avgjorde det heta derbyt när han satte straffen och matchens enda mål redan efter fem minuter. Milan toppar ligan.
Men enligt Hamrén har Milan inte framför några önskemål om att lagets store stjärna helst bör slippa träningslandskampen mot Tyskland på Ullevi.
- Nej, det är helt mitt beslut. Hade det varit en tävlingsmatch på onsdag hade han spelat. Hade jag sagt att han ska spela på onsdag, hade han gjort det. Så mycket känner han för det här laget, säger förbundskaptenen.
Elfsborgs Denni Avdic har kallats in som ersättare och ansluter till truppen i Göteborg på tisdagen.
TT