Efter en mållös första halvlek skulle gästande Benfica ta ledningen i inledningen av den andra halvleken.
Joao Mario fick chansen från straffpunkten och även om Simon Mignolet gick rätt och var på bollen så kunde inte belgaren rädda straffen.
Slarv från Club Brugge i matchens slutskede skulle göra att Benfica fick med sig ett drömresultat hem till returen. 19-årige Björn Meijer fick en alldeles för dålig förstatouch och det kunde David Neres utnyttja genom att sno bollen och lägga in 2-0-målet.
Benfica hade även en boll inne för 3-0 men det dömdes bort för offside, i C Mores Champions League-studio slog experten Siavoush Fallahi fast att Club Brugge inte kommer att hämta sig från detta.
Gusten Dahlin: Var det här spiken i kistan?
-Det känns verkligen som det, Brugge gör två ganska stora misstag. 2-0 är i underkant men det var nog spiken i kistan, svarade Fallahi.
Startelvor:
Club Brugge: Mignolet - Mata, Mechele, Hendry - Buchanan, Vanaken, Odoi, Onyedika, Meijer - Lang, Sowah.
Benfica: Vlachodimos - Bah, Silva, Otamendi, Grimaldo - Florentino, Chiquinho - Aursnes, Mario, Silva - Ramos.