Det bjöds på en händelserik match med målchanser åt bägge håll på Zimbru stadion i Chișinău.
Men det krävdes en straff för att spräcka målnollan.
Sokol Cikalleshi var iskall när han rullade in bollen från elva meter efter 25 minuters spel. Men Moldavien ville annat och med tre minuter kvar av matchen skickade Vladyslav Baboglo in kvitteringen. Målet var Moldaviens första mål någonsin mot Albanien.
Matchen slutade 1-1 och i och med poängen är Albanien, som tolfte lag i ordningen, klart för EM nästa år.
Albanien toppar grupp E med 14 poäng, tre poäng före Tjeckien på andraplats. Under fredagskvällen ställs Tjeckien mot tabellfyran Polen i Warszawa. Vid tjeckisk seger gör de Albanien sällskap till EM nästa år.
I den avslutande omgången ställs Albanien mot jumbon Färöarna.
Sedan tidigare är Tyskland, Spanien, Portugal, Skottland, Frankrike, Belgien, Turkiet, Österrike, England, Ungern och Slovakien kvalificerade till EM nästa sommar.