Elfsborg hade 2-1 med sig från hemmamatchen med norska Odd efter att ha vänt underläge till seger på Borås Arena.
I returen var den allsvenska tabellfyran vidare till playoffrundan i en knapp halvtimme.
Sedan öppnade Odd målskyttet och precis som i matchen i Borås förra veckan var det Oliver Occéan och Jone Samuelsen som regisserade målet.
Den här gången slog Samuelsen en långboll till kanadensaren Occéan - som tog ner bollen i straffområdet, enkelt fintade bort Sebastian Holmén och satte 1-0.
I den andra halvleken flyttade Elfsborg fram utgångspositionerna ytterligare, men i stället för en kvittering kom nästa hemmamål på Skagerak Arena i Skien.
Chukwuma "Bentley" Akabueze kom på vänsterkanten och i stället för att slå ett inlägg stänkte han in Odds andra mål för kvällen bakom en ställd Kevin Stuhr Ellegaard i Elfsborgs mål.
I det läget skulle ett Elfsborgs mål ta matchen till förlängning och Magnus Haglund bytte in både Lasse Nilsson och Per Frick i jakten på mål.
Det hjälpte dock inte för ett Elfsborg som matchen igenom hade oerhöt svårt att skapa målchanser.
Borås-laget tar därmed farväl av Europa-spelet för den här gången efter att ha förlorat dubbelmötet med 3-2.