Det hade inte ens gått en halv minut innan MFF tagit ledningen. Ett långt Jonas Knudsen-inkast från egen planhalva hittade Sören Rieks som spelade fram Jo Inge Berget i straffområdet. Norrmannens första skott blockerades men det andra försöket smällde Berget upp i nättaket.
Cracovias första skott genom Florian Loshaj täcktes ut till hörna, sedan slog Anders Christiansen en genomskärare till Eric Larsson som skruvade bollen tätt över målet. Med kvarten spelad hade även Isaac Kiese Thelin fått ett läge som han sköt utanför Lukas Hrossos stolpe.
Rieks sköt nästa Malmö-skott som strydes till hörna av Hrosso. Matchens inledning var fysisk där MFF hade ett övertag och spelade sig några gånger in till straffområdet. Cracovia visade att de trots sitt långbollsepitet var förmöget att skapa målchanser längs marken också.
Christiansen kom med ett skott i mitten av halvleken och Anel Ahmedhodzic hade en farlig nick strax därefter. Med halvtimmen spelad fick Cracovia ett frisparksläge precis framför straffområdet, Marcos Alvarez skruvade den över dock. Över gick också Christiansens skott från nära håll på Bergets passning.
En minut innan halvtidspausen kom Malmös 2-0. Kiese Thelin hittade Rieks i straffområdet som nästan liggandes sköt bollen i mål från tio meter.
Cornel Rapa fick andra halvleks första målchans efter en hörna men nicken gick rakt på Marko Johansson i MFF-målet. I den 60:e minuten hade Rieks lägen att avgöra matchen på ett friläge men hans dubbla chanser räddades av Hrosso. Ytterligare en chans missades av Erdal Rakip och inne i matchens sista tredjedel ökade Cracovia trycket mot MFF-försvaret. Sergiu Hancu hade ett distansskott som svepte förbi Johanssons stolpe bland annat.
Med kvarten kvar fick MFF ett nytt läge där Rieks inspel hittade inhopparen Amin Sarr som avslutade över Hrossos mål. I den 81:a minuten hade Ahmedhodzic och Christiansen dubbla lägen att göra 3-0 men avsluten räddades av Hrosso igen.
Cracovia orsakade MFF vissa besvär men i slutändan vann favoriten planenligt efter en väntad matchbild, och är vidare till Europa Leagues andra kvalomgång. Motståndaren lottas på måndag nästa vecka.
- Vi går in för att göra trean också, så det är vi lite missnöjda med, säger Isaac Kiese Thelin till Viaplay.
Startelvor:
Malmö FF: Johansson - Larsson, Ahmedhodzic, Brorsson, Knudsen - Rakip (utbytt 75'), Lewicki, Christiansen- Rieks, Kiese Thelin, Berget (67')
Byten: Sarr (67'), Traustason (75')
Cracovia: Hrosso - Rapa, Jablonsky, Helik, Siplak (utbytt 58') - Loshaj, van Amersfoort - Hanca, Alvarez (80'), Wdowiak - Rivaldinho (46')
Byten: Dimun (46'), Ferraresso (58'), Vestenicky (80')
Gula kort: Hanca (14'), Larsson (18'), Ahmedhodzic (31'), Dimun (77')